Vaizdeliai iš darbo – Картинки с работы

[indraja]

Gelių dokumentavimo aparatas neveikė, tad šiandien nufotografavau gelį fotoaparatu. Gavosi toli gražu ne taip ryškiai, bet spalvotai. Jei kam nėra tekę susidurti – šie brūkšniukai atitinka skirtingo dydžio DNR fragmentus. Jie migruoja agaroziniame gelyje teigiamo elektrodo link, tai yra, vyksta elektroforezė. Kuo fragmentas mažesnis, tuo greičiau juda, taigi, brūkšniai paveikslėlio dešinėje – mažesni fragmentai, kurie nuėjo toliau. „Kopėčios“ iš krašto – žymeklis, jau žinomo dydžio fragmentų mišinys. DNR gelyje galima matyti todėl, kad jame yra dažo etidžio bromido, o gelis peršviečiamas ultravioletine šviesa. Tokių gelių išvaizda leidžia identifikuoti DNR molekules, nes galima palyginti fragmentus, kuriuos turėtume gauti tam tikrais atvejais, su fragmentais, kuriuos gavome. DNR sukarpoma į gabalus fermentais restriktazėmis (restrikcijos endonukleazėmis), kurie atpažįsta tam tikras, paprastai palindromines, „raidžių“ – nukleotidų sekas. Jei molekulės nukleotidų seka žinoma, žinosime, kokius fragmentus turime gauti po skaidymo konkrečiu fermentu.

Minėtu aparatu gautas ryškus gelio atvaizdas pirmoje nuotraukoje žemiau, o antroje nuotraukoje – tikrosios spalvos.

Smalsu: kas iš šio pasakojimo sužinojo šio to naujo, o kam visa tai ir taip buvo žinoma?

---

Аппарат для документирования гелей не работал, так что сегодня сфотографировала гель фотоаппаратом. Получилось не так чётко, зато в цвете. Если кто не сталкивался, то эти чёрточки соответствуют фрагментам ДНК разной величины. Они мигрируют в агарозном геле к положительному электроду, то есть, происходит электрофорез. Чем фрагмент меньше, тем быстрее, так что чёрточки на правой стороне картинки – это фрагменты поменьше, которые ушли дальше. «Лестница» с краю – маркер, смесь фрагментов уже известной величины. ДНК в геле можно увидеть потому, что в нём содержится краситель бромистый этидий, а гель тут просвечивается ультрафиолетовым светом. Вид таких гелей позволяет идентифицировать ДНК, так как можно сравнить фрагменты, которые должны были получиться в каком-то случае, с теми, которые получились. ДНК разрезывается на куски ферментами рестриктазами (эндонуклеазами рестрикции), которые опознают определённые, обычно палиндромные, последовательности «букв» – нуклеотидов. Если нуклеотидная последовательность молекулы известна, будем знать, какие фрагменты получим при помощи конкретного фермента.

Чёткое изображение геля, полученное упомянутым аппаратом, на первой фотографии внизу, а второе фото в естественных цветах.

Любопытно: кто из этого рассказа узнал нечто новое, а кто и так про всё это знал?

Comments

[hild-0.livejournal.com]

Скорее новое, правда, не поняла:(

[indraja]

А что из всего непонятно в первую очередь? ("Всё" более понятно я скорее бы могла объяснить вживую, имея возможность хотя бы пальцем на картинку и вещи показывать, нежели тут...)

[hild-0.livejournal.com]

Боюсь, практически всё. Это новая для меня тема.

[indraja]

Если интересно, можешь посмотреть другие комментарии - вдруг что-то выяснится :)

[hild-0.livejournal.com]

Знаешь, пыталась - но все равно тяжко:) Если будешь писать "для чайников" - будет очень полезно. Если надо будет помочь перевести - скажи, попытаюсь.

[indraja]

Ещё проще вряд ли буду, мне такое писать слшком скучно, разве что быстро вслух :)
Э, а каким образом тебе будет проще перевести, чем мне - написать, если это совсем новая сфера для тебя, а для меня всё-таки не настолько новая, даже на русском ;) ?.. (Ну, бывают странные люди, вот тебе хочу показать фильмы, потому исправляю субтитры на неродном языке, но это уж надо получать хоть какое-то удовольствие от процесса...). Вот можешь попробовать:
"Kai praskiesta kultūra pasiekia reikiamą optinį tankį, ji perpilama į išsterilintą mėgitnuvėlį. Mielių ląstelės atskiriamos nuo terpės centrifugavimu, terpė nupilama, nuosėdos suspenduojamos buferiniame tirpale ir inkubuojama kratytuve 30 C temperatūroje."

[naiwen.livejournal.com]

Все новое! Правда-правда!
А для чего вообще эти гели служат? (глупый вопрос, наверное)
Было бы очень интересно, если бы ты написала цикл постов про свою работу, изложив все для чайников с нуля в максимально доступной и популярной форме :))

[indraja]

А гели для того и служат, что в них можно осуществлять электрофорез. Есть гель, в нём есть карманчики-углубления, туда вносим раствор наших молекул, помещаем в такой аппарат, в котором создаётся разница электрических потенциалов на одном и на другом конце геля, и молекулы движутся к электродам противоположной полярности, а скорость зависит от их величины, и молекулы разной величины образуют разные полоски). В геле их можно хорошо разделить, и потом фотографировать, так как вне электрическго поля они довольно долго продержатся в одном и том же месте, пока не диффундируют в стороны.
Или вопрос был не о том?

О дааа :)) ... И, в особеннояти, если на русском (хотя, м.б., напишу вот следующий пост про то, какими "извращениями" я уже балуюсь на русском...). (То есть, на языке, некоторые термины на котором я таки когда-то видела, так как была ещё того поколения, который на русском учебники тоже читал - но который в применении к этим процессам в жизни не слышала. По жизни люди говорят на лабораторном жаргоне, дипломные пишут на литовском (и это дело чести многих преподавателей - изобрести собственную терминологию на литовском...), а все методики в книгах или сети находят на английском).

Но, может быть, если ещё случится сблазн что-то показать, буду помнить и постараюсь :)

[naiwen.livejournal.com]

Ага, спасибо :) Тогда следующий глупый вопрос - а для чего служит этот электрофорез? Это исследования с какими-то конкретными прикладными целями или чисто фундаментальная наука? Что ищется, что доказывается с помощью таких методов исследования?
Ага, терминология - это понятно :) Вот я, например, освоила французскую медицинскую терминологию (не от хорошей жизни, увы) на таком уровне, что прямо хоть в специализированные переводчики. А вот деловой французский - у меня такое впечатление, что такого языка просто не существует, и каждый (в том числе сами французы) изобретают велосипед на свой собственный лад.

[indraja]

Это один из самых базовых методов, его применяют для чего только угодно :)
Именно эти случаи были для того, чтобы знать, получила ли я при помощи генной инженерии (как высокопарно звучит...) те конструкции, которые мне будут нужны, или, наоборот, такие, которые мне не будут нужны. А конструкции у нас скорее для прикладных целей - получить белок, для синтеза которого всё и конструировалось. С белком много что можно делать (очень много чего!). Мы нередко для иммунизации мышей используем, получаются специфические антитела, а они тоже инструмент - с их помощью можно, например (и в очень удачном случае), изготовить набор для быстрой диагностики.

[indraja]

если вопрос был о том, зачем нужно идентифицировать молекулы при помощи электрофореза - то, о, за тем, что нам вообще посоянно нужно их идентифицировать. Так как надо знать, получилась ли тут нужная конструкция при конструировании, или выделили ли мы то, что собирались, и т.д., а форез - сравнительно простой и дешевый метод. Хотя, понятно, приблизительный - но ведь секвенировать каждую полученную конструкцию не будешь, и дорого, и чрезмерная информативность на многих этапах и не требуется, достаточно понять, вставили ли мы инсерт в одной ориентации или в противоположной, например, что прекрасно можно узнать по положению последовательности-мишени для специфического фермента.

[kemenkiri.livejournal.com]

Новое всё, и очень любопытно!

[indraja]

Приятно, что какая-то польза :)
А в целом, анализ ДНК ведь и в археологии играет роль - или только очень редко?

[kemenkiri.livejournal.com]

Нечасто - кажется, по той причине в т.ч. что это еще надо найти материал, из которого можно было бы извлечь вменяемый материал на анализ. Т.е. речь идет о погребениях уникальной сохранности - египетские мумии. алтайские замороженные погребения...

[u-uka.livejournal.com]

ужОс какой.
(*сидит и чувствует себя селом неасфальтированным*)

Слушай, а ты не хочешь как-нибудь серию постов про работу написать. Со слайдами и городскими легендами там. Мне твоя работа нааааастолько интересной кажется. Я б читала, как детектив.
Не знаю, я ли одна такая.

[indraja]

Буду иметь в виду, что, раз возникнет желание, не надо сдерживаться :)
(Конечно, у меня есть подозрения, что меня отследить по одному такому посту проще, чем по рассказам про жизнь всей родни за полвека, но пусть уж!.. На работу по содержанию ЖЖ пока что не отбирают, надеюсь).
Только с "сериями", особенно, заранее запланированными, не так просто - ЖЖ для меня и есть то место, где не надо делать "что нужно". Ну и даже такой простой постик - уже час, а может быть и больше.

[dusimtaidevyni.livejournal.com]

> šio to naujo

Kaip švelniai pasakei... :)

[indraja]

Malonu girdėti! :)